До 1912 г. по необходимост екзархийските и църковно-училищните имоти са купувани на името на екзарх Йосиф в качеството му на духовен глава на Българската църква и така са вписвани в регистъра на недвижимата собственост Тефтерхането (финансово ведомство) на Османската империя. След идването на младотурското правителство тези имоти трябва да бъдат регистрирани на името на юридически признатите духовни учреждения на малцинствата. Поради различия в становището на Св. синод и българското правителство на кого принадлежат имотите, купуваните през годините множество имоти не са регистрирани в съответствие с приетия Закон за недвижимите имоти на юридическите лица (както изисква турското законодателство) и това поставя под заплаха тяхното запазване за българската държава или Екзархия.
Но юридическият статут на българската православна общност в Цариград не е уреден от турското законодателство. Лозанският мирен договор от 1923 г. не посочва изрично българите като малцинство и отсъствието на изрична регламентация позволява на турските власти през целия период след създаването на Турската република да подхождат към местните българи съобразно конкретната политическа обстановка в страната и двустранните българо-турски отношения. Преобладаващата част от членовете на общността са турски граждани. Освен това демографските процеси в българската общност в Цариград са крайно неблагоприятни. По български дипломатически сведения в края на 1923 г. българите наброяват 3320, които са подчинени на Екзархийското заместничество и са съсредоточени предимно в Цариград, Одрин и Лозенград. Затова, като отчита реалното положение на българската колония, комисия, съставена през 1935 г., начело с д-р Константин М. Сарафов, пълномощен министър, директор на вероизповеданията на Министерство на външните работи и изповеданията обръща най-голямо внимание на въпроса доколко веднъж обявени за вакъф тези имоти могат по-късно да бъдат ликвидирани. Комисията преценява, че това може да се случи само при хипотезата, че българските общини изчезнат в местата, където се намират тези имоти. От това тя оптимистично прави извода, че докато съществуват българските общини в Турция, винаги ще могат ги използват за своите цели, въпреки всички наложени от новия закон ограничения и тежести. В докладната записка тези имоти са оценени на около 17 000 000 лв. Четири години по-късно, след обстойна обиколка на имотите, К. М. Сарафов ги оценява на 30 млн. лева.
В началото на 1936 г. Главната дирекция на безстопанствените имоти в Турция отново предприема стъпки за тяхното обсебване. Първоначално тя извършва само някои проучвания, но през 1938 г., след като установява чрез анкета, че екзарх Йосиф не е оставил законни наследници, използва случая и слага ръка на някои от по-ценните имоти в Цариград. През 1916–1926 г. и 1936 г. Тефтерхането успява да прехвърли на Вакъфското управление като собственост на държавата общо 16 български имота от частни физически и юридически лица. Предявява претенции и за други 15, повечето от които са заграбени от частни лица.
В началото на август 2002 г., по искане на Европейския съюз, турският Закон за вакъфите от 1936 г. е изменен. Същественото е, че се дава възможност общностните фондации в срок до 8 февруари 2003 г. да предприемат постъпки за регистриране на недвижимите имоти с религиозна, благотворителна, образователна, здравна, социална и културна цел, намиращи се в тяхно владение. Но това не означава придобиване на собственост, а само законно ползване. Във връзка с това на 7 февруари 2003 г. Църковното настоятелство на Фондацията на българските православни църкви в Истанбул подава декларация за недвижими имоти в съответствие с изменението в закона. На 9 ноември 2006 г. турският парламент приема нов Закон за фондациите на религиозните общности. Новият закон дава възможност на фондациите да придобиват собственост по административен или по съдебен път. По този казус турското становище отново е, че екзархийските имоти следва да се разглеждат във връзка с турските вакъфи в България.
През 2011 г. следва ново изменение на Закона за вакъфите, според който реално може да се възстанови собствеността на имоти, които отговарят на определени условия. На 7 юни 2012 г. Генералната дирекция на вакъфите връща на Фондацията на православни църкви на Българската екзархия в Цариград, начело с Васил Лиязе, и Управителният съвет на фондация „Български православен храм в Истанбул“ 7 имота – църквата „Св. Стефан“ (Желязната църква), Метоха, който се намира в непосредствена близост до нея, българското гробище и няколко парцела в престижните квартали „Шишли“ и „Бешикташ“. През 2016 г. е върната сградата на българската мъжка гимназия в Одрин и в началото на 2017 г. мястото, където се е намирала българската църква „Св. Спиридон“ в Къркларели (Лозенград).